Docker-kuvan käyttäminen¶
Virallisen ajonaikaisen Docker-kuvan avulla FrontISTR voidaan suorittaa ilman sen riippuvuuskirjastojen asentamista. Katso Dockerin asentamista koskevat ohjeet oman ympäristösi dokumentaatiosta.
Kuvan hankkiminen¶
Kuva sisältää seuraavat suoritukseen tarvittavat kirjastot.
- MPI: Open MPI
- METIS
- MUMPS
- Trilinos ML
- Intel MKL (x86_64-ympäristöt)
Analyysin suorittaminen¶
Suorita analyysi jakamalla isäntäkoneen työhakemisto (jossa syötetiedostot sijaitsevat) kontin kanssa. Jaa hakemisto valinnalla -v ja määritä työhakemisto valinnalla -w.
docker run --rm -v $PWD:/work -w /work \
registry.gitlab.com/frontistr-commons/frontistr/fistr1:latest fistr1
Kuvan oletuskomento on fistr1 (lähde: docker/container/Dockerfile, CMD ["fistr1"]). Jos haluat antaa esimerkiksi version tarkistusvalintoja, määritä komento kuvan nimen jälkeen.
Katso syötetiedostojen valmistelu ja ohjaustiedostojen kirjoittaminen kohdasta Analyysin kulku.
MPI-rinnakkaissuoritus¶
MPI-rinnakkaissuoritus tehdään kontin sisällä komennolla mpirun. Katso tarkat suorituskomennot ja aluejakomenettely kohdasta Rinnakkaisanalyysi.